Sarpsborg kommunes høyste politiske organ er bystyret. Dette består av 43 medlemmer som er valgt av befolkningen gjennom kommunestyrevalg. Ordføreren er kommunens øverste politiske leder, mens varaordføreren er ordførerens stedfortreder.
Hvilke politiske utvalg og komiteer kommunen skal ha og hvordan ansvarsfordelingen mellom disse skal være er i noen grad lovbestemt, og avgjøres utover dette av bystyret. Bystyret velger også medlemmene. Fra høsten 2011 har Sarpsborg fire særlig sentrale utvalg og komiteer:
Kontrollutvalget har også en viktig funksjon i å utøve kontroll med kommunens forvaltning og tjenester.
Forholdet mellom bystyret og de nevnte utvalg og komiteer er skissert nedenfor. Plan- og økonomiutvalget og utvalg for landbruk og teknikk har beslutningsmyndighet i en del saker og innstiller i andre saker til bystyret. De to komiteene skal primært ha hånd om utredningen av noen større saker, og innstiller i disse sakene til plan- og økonomiutvalget.
For en fullstendig beskrivelse av forholdet mellom de poltiske organene i Sarpsborg kommune les kommunens delegeringsreglement.